Article un peu particulier aujourd’hui que j’ai pas mal hésité à écrire sur le coronavirus. Pourquoi? Parce que ça fait un peu opportuniste et participe à l’anxiété générale qui est en train de se manifester un peu partout. Néanmoins, j’ai décidé tout de même de le faire pour une raison simple, le bruit ambiant fait qu’il est difficile de prendre la mesure de ce qu’il se passe. Par conséquent, prendre des décisions un minimum éclairées sur comment réagir à l’échelle individuelle devient compliqué. Je vais donc vous proposer cet article où je vais essayer de présenter un maximum de faits pour que chacun ait les éléments pour réagir.

Le Coronavirus

En décembre 2019, une épidémie virale apparaît à Wuhan, dans la province de Hubei en Chine. Début janvier, les autorités chinoises et l’OMS déclarent qu’un nouveau coronavirus a été identifié et qu’il est le responsable de cette épidémie, c’est le 2019-nCoV. ON l’appelle également Co-vid19 ou SARS-coV2. Quinze jours plus tard, il était en France et aujourd’hui, il est dans le monde entier.

Qu’est-ce qu’on sait de ce virus? Il appartient à la famille des coronavirus. Cette famille provoque chez l’Homme des infections bénines comme les rhumes et plus généralement des atteintes des voies aériennes. On les appelle ainsi parce que sous forme de virion (virus encapsulé dans une protéine servant de protection et à l’infection), ils ont un aspect d’une sphère présentant des protubérances qui en microscopie électronique ressemblent à une couronne.

Cette famille de virus se transmet principalement de façon aéroportée en passant de voies respiratoires à voies respiratoires par éternuements/toux du malade à inhalation par la personne saine. Le risque de contamination est par contre assez faible. L’institut pasteur estime ainsi que le virus ne survit que quelques heures sur une surface inerte et sèche.

Dans le cas de la première souche de ce virus, il semble qu’elle était finalement assez peu contagieuse. En effet, on sait que depuis, le virus a muté. La première variante est la S qui serait la variante qui serait passé de l’animal à l’Homme. Elle concernerait 30 % des cas, en particulier, les premiers en Chine. la seconde, la L est la version mutée. Elle concerne 70 % des cas et est à la fois plus contaminante (d’où le nombre) et probablement plus agressive.

Les symptômes du Coronavirus

Tiré de Rothan et Byrareddy, février 2020

Le coronavirus provoque les symptômes suivants: la fièvre ou la sensation de fièvre et des signes de difficultés respiratoires de type toux ou essoufflement.  Son temps d’incubation va de 5 à 14 jours durant lesquels le malade peut être asymptomatique. La contagion elle semblerait commencer à l’apparition des symptômes voir quelques jours avant toujours selon l’institut Pasteur. Ce qui a justifié la quarantaine de 14 jours.

Le plus dangereux dans ce virus est le syndrôme de détresse respiratoire aigüe. Un autre point dangereux et original est sa capacité à provoquer des troubles nerveux. Ceci n’est pas une capacité commune des coronavirus comme la grippe par exemple. Il semblerait que le Co-vid19 puisse ainsi attaquer le système nerveux central en passant par un synapse partant du centre médullaire cardio-respiratoire. C’est ainsi que l’on peut voir des vidéos de personnes s’effondrant et convulsant au sol. ce sont également ces atteintes neurologiques qui pourraient être responsables du fait que les patient ne sont plus capables de respirer sans assistance mécanique.

Notre compréhension du Co-vid19

Comprendre et connaître le co-vid19 est d’une importance capitale pour deux raisons. Prévoir et suivre son évolution et chercher des drogues efficaces.

Pour prévoir et suivre le virus, la première étape était de séquencer le virus ce qui a été fait. Ceci permet de le comparer à des virus connus et à développer des méthodes de détection rapide pour identifier les malades au plus tôt. Cette détection peut ainsi se faire par une technique de routine dans n’importe quel labo de biologie moléculaire: la RT-PCR. Cette technique permet d’amplifier spécifiquement des bouts de l’arn viral de façon spécifique chez un patient potentiellement malade. Ceci peut se faire à partir d’échantillons de salive donc un test vraiment pas invasif et dure  de 3 à 4h. Si une amplification est observée, le patient porte le virus… Le problème est qu’il faut des laboratoires habilités à travailler avec du matériel pathogène, ce qui diminue drastiquement le nombre.

Le séquençage a également permis de se projeter mais aussi de retracer le parcours du virus. C’est ainsi qu’on a identifié ces deux souches variantes du virus. C’est aussi en faisant la phylogénétique du virus (son arbre généalogique) qu’on a pu chercher la source de la contamination qui provient certainement d’un animal (pangolin).

Concernant les stratégie de lutte, le vaccin est évidemment notre stratégie habituelle, seul problème, le temps de développement fera qu’il y a peu de chances qu’il soit disponible avant plusieurs mois. Les drogues quant à elle pourraient si on en trouve être déployées mais les stocks seront forcément pas adaptés et manque de bol, le gros de la production pharma se fait en Inde ou en Chine… Autant dire que les problèmes d’approvisionnement feront que même en cas de remèdes, il ne faut pas compter dessus avant quelques semaines. De toute façon, les premières études n’ont pas trouvé de médicaments miracles. Certains ont tenté d’utiliser des anti-viraux à large spectre, ce qui a permis un contrôle relatif de la maladie.

Aujourd’hui, le traitement majeur est d’attendre que ça passe en comptant sur le système immunitaire. Pour les cas les plus graves, l’hospitalisation en chambre confinée permettra de supporter les fonctions corporelles atteintes en attendant que le système immunitaire fasse son oeuvre. C’est à peu près tout.

La propagation du virus

Avant de lire cette partie, je vous invite à aller sur cette page de l’institut Hopkins. Vous trouverez ainsi des chiffres officiels à jour. Comme vous pouvez le voir, le monde entier est touché alors que l’épidémie a commencé il y a 3 mois maintenant. Cette comparaison de courbe dans Nature est assez parlante:

Comme on peut le voir, l’épidémie en chine selon ces sources officielles (qui peuvent faire débat) a très vite évolué et c’était surtout la souche S. On doit donc s’attendre à au moins une évolution similaire dans les autres pays. Pourquoi au moins? Parce que la Chine a pris des mesures drastiques de confinement. Est-ce que ce type de mesures pourront être prises en Europe en prévention? Certainement pas. L’Italie commence à le faire en mettant 15 millions (!!!) de personnes en quarantaine alors que l’épidémie s’emballe déjà. Bref, trop tard. Peu de chances qu’en France on réagisse plus tôt surtout en périodes d’élections municipales…

Si on regarde maintenant le nombre de décès, on se retrouve à 6% en faisant le calcul à partir des chiffres de l’institut Hopkins. Par comparaison, la grippe c’est selon les années autour de 0,3 %. Avec une autre différence majeure, la grippe tue des gens déjà affaiblis par d’autres pathologies. Comme on l’a vu dans le paragraphe précédent, ce n’est pas forcément le cas avec le Co-vid19. En effet, comme présenté sur ce graphique, les 0,3% de décès avec le Co-vid19 sont dans des catégories d’âge qui sont relativement épargnés par la grippe… Il est donc à la vue de ces données dangereux de dire qu’on a à faire à une grippe saisonnière.

Enfin, en terme de contagion le problème de ce virus pourrait aussi être la présence de porteurs asymptomatiques décrits ici.  Le problème, c’est qu’un porteur asymptomatique peut infecter pendant une vingtaine de jours sans être détecté. Un calcul proposé par Neil Ferguson indique qu’une approche plus correcte serait de dire qu’il y a probablement 1000 infectés pour un décès.

Le problème de la prise en charge et de la communication

En fait, le vrai problème de ce virus pour 95% des cas n’est pas sa dangerosité intrinsèque. On pourrait certainement récupérer la plupart des gens avec le matériel et le personnel adéquat. Le problème est que par exemple sur la région occitanie, quand tout va bien et que les personnels sont au maximum, il y a une place en réanimation pour 40000 patients (source personnelle). Tout le monde comprend facilement en voyant ces chiffres que le taux d’accueil est horriblement bas pour accueillir ne serait-ce que les 6 % qui meurent du virus… Et encore moins pour ceux qui à l’instant T ne sont pas assez malades mais qui avec l’évolution de la maladie, sans assistance médicale risquent de pas aller de mieux en mieux.

Et ça, c’est en admettant qu’il y a tout le personnel disponible. Ce qui au vue de l’état de notre système de santé est de base pas gagné et que ça c’est avant que eux-mêmes ne soient contaminés. En Chine, les chiffres de personnels soignant malades sont effrayants.

Pour faire simple, nous ne sommes pas prêts à réagir au problème et c’est ce qui fait que la situation est problématique.

La communication autour de cette maladie a été désastreuse et la peur de prendre des mesures rapides fait que la situation va être compliquée. Il y a encore un mois, la communication était qu’il n’y avait aucune raison de s’inquiéter. Résultat, la population n’a pas pris conscience du problème, ce qui ne facilité pas la non propagation du virus. En effet, c’est malheureusement à un niveau individuel que la propagation doit être contrôlée mais si tout le monde s’en fout, autant dire que ce n’est pas gagné.

Les solutions pour se protéger du virus?

Je ne vais malheureusement pas être très original pour les solutions. La respiration n’est pas un remède miracle. Le mieux que je puisse dire est de continuer à respirer moins pour limiter le mélange des flux d’airs que vous respirez. Mais c’est très très moyen comme méthode de protection… Lavez vous régulièrement les mains, c’est la base. Tenez vous éloigné d’environ 1 mètre lorsque vous parlez à quelqu’un et éviter les endroits bondés. Les masques sont peu utiles, les gants idem, d’autant que vous aurez du mal à vous en procurer. Mettre en place des sas de décontamination ou autre, à moins que vous viviez dans un laboratoire P3, laissez tomber, le virus est aéroporté. Si vous vivez en appartement, il peut même passer dans le système de ventilation donc bon…

Si on vous dit qu’augmenter votre système immunitaire va vous aider, c’est probablement une arnaque. Votre système immunitaire ne vous protègera pas de l’entrée du virus puisqu’il n’a tout simplement rien à voir avec ça. A la limite, une bonne condition physique vous aidera à mieux le gérer une fois qu’il sera là.

En fait, la meilleure solution serait de rester isolé. Ceci posera forcément un problème d’ordre économique, donc si vous pouvez faire du télé-travail, n’hésitez pas. Sinon, pas vraiment d’autres solutions.

Conclusion

Voilà pour cet article. Comme vous pouvez le voir, pas de solutions miracles. En fait, c’est une question de choix individuel et d’estimation de balance bénéfices/ risques. J’espère que ces informations vous donneront de quoi faire le meilleur choix possible.

A bientôt pour des articles plus légers!

Yvan